El museo nació para quedarse con lo mejor de lo que se encontraba en la zona, en vez de mandarlo todo a El Cairo. Su fondo creció sobre todo con dos hallazgos: el escondrijo de estatuas del Templo de Karnak, donde los sacerdotes enterraron ordenadamente las esculturas que ya no cabían en el recinto, y un segundo escondrijo aparecido en el patio del Templo de Luxor, con esculturas de una calidad excepcional.
A ello se suman los talatat, los bloques pequeños de arenisca que Akenatón empleó para construir deprisa sus templos a Atón y que, tras su caída, se reutilizaron como relleno dentro de los muros de Karnak. Al desmontarlos aparecieron por miles, y en el museo se han vuelto a montar formando un muro decorado.
La colección se completa con material de la orilla oeste: objetos de ajuar funerario, mobiliario de tumbas reales y momias de faraones expuestas en sala aparte.