El NMEC se concibió con un planteamiento distinto al de los demás museos del país: no centrarse en una sola época, sino contar la civilización egipcia completa, desde la prehistoria hasta la actualidad, incluyendo los periodos griego, romano, copto, islámico y moderno que suelen quedar fuera del relato faraónico habitual.
Su emplazamiento no es casual. Fustat fue la primera capital del Egipto islámico, y el museo se levanta junto al lago de Ain el-Sira, en un barrio con siglos de historia continuada bajo los pies. El propio edificio, de líneas sobrias y hormigón visto, contrasta a propósito con el clasicismo del museo del centro.
El momento que lo puso en el mapa internacional fue el traslado de las momias reales desde el Museo Egipcio de El Cairo hasta su sede actual, una operación convertida en desfile ceremonial por las calles de la ciudad y retransmitida a todo el mundo. Desde entonces, la Galería de las Momias Reales es su sala más visitada.