La mandó construir Mohamed Ali Pasha, el gobernador que reorganizó Egipto por completo y fundó la dinastía que reinó hasta la caída de la monarquía. La levantó dentro de la Ciudadela, la fortaleza que domina la ciudad desde las colinas de Muqattam, en la misma etapa en que estaba reformando el ejército, la administración y la economía del país. La mezquita era, además de un templo, una declaración política.
Su estilo lo explica todo: en lugar de seguir la tradición mameluca de El Cairo, se inspiró en las grandes mezquitas imperiales de Estambul, con una cúpula central rodeada de semicúpulas y minaretes finos como lápices. Es un edificio otomano en una ciudad que llevaba siglos construyendo de otra manera, y por eso destaca tanto desde lejos.
El revestimiento de alabastro de los muros y del patio le dio el sobrenombre por el que se la conoce, la mezquita de alabastro. Mohamed Ali está enterrado dentro, en una tumba de mármol tallado situada en la sala de oración. En el patio, la torre del reloj guarda una de las anécdotas favoritas de los guías: fue un regalo diplomático francés que nunca funcionó bien.