El nombre viene del natrón, la sal mineral que se extraía de los lagos de esta depresión y que los antiguos egipcios empleaban en la momificación. Cuando el cristianismo arraigó en Egipto, ermitaños se retiraron a este desierto y de aquellas agrupaciones de celdas nacieron los monasterios que aún funcionan hoy, con el mismo modelo de vida comunitaria que en Egipto tiene su otro gran superviviente en el Monasterio de Santa Catalina, en el Sinaí.
Los recintos fueron saqueados y reconstruidos una y otra vez a lo largo de su historia, y de ahí su aspecto de fortaleza: muros altos, accesos estrechos y torres de refugio donde la comunidad se encerraba durante los ataques. Dentro se conservan pinturas murales, iconostasios de madera —el muro de iconos que separa el altar de los fieles— y reliquias veneradas por la Iglesia copta ortodoxa.