El Serapeum fue el gran santuario de Serapis, el dios que los Ptolomeos crearon combinando rasgos egipcios y griegos para que sirviera a las dos comunidades de la ciudad. El recinto ocupaba la colina más alta de la Alejandría antigua y, según las fuentes clásicas, albergó una biblioteca aneja a la principal.
La columna que hoy da nombre al lugar se erigió en honor del emperador Diocleciano, como recuerda la inscripción de su base; el nombre de Pompeyo es un error de viajeros medievales que lo tomaron por un monumento funerario. El santuario fue destruido durante los conflictos religiosos del final de la Antigüedad y solo quedó en pie el fuste, visible desde el mar durante siglos.
El granito rojo procede de las canteras de Asuán, las mismas de las que se sacaban los grandes monolitos faraónicos y donde sigue tumbado el Obelisco Inacabado.