El museo nació del mismo esfuerzo internacional que salvó los templos nubios cuando se construyó la gran presa: mientras unos equipos desmontaban y trasladaban los monumentos, otros excavaban a contrarreloj los yacimientos que iban a quedar bajo el agua. Todo ese material necesitaba un lugar donde ser conservado y explicado, y ese lugar es este.
El edificio se proyectó tomando como referencia la arquitectura tradicional nubia: piedra local, volúmenes bajos y patios. La colección no se limita a la época faraónica; recorre la prehistoria, los reinos nubios que llegaron a gobernar Egipto, el periodo cristiano y el islámico, y termina en la vida de las comunidades nubias actuales, muchas de ellas realojadas tras la inundación de sus pueblos.